1992年9月。
東京はキョムと呼ばれる組織の総攻撃を受けた。
後に『東京ロストライフ現象』と名づけられる事件の、これが始まりである……。



保育士として働いていた織部碧は、破壊される東京の街を子供達とともに逃げていた。
しかし、その最中で一度は意識を失ってしまい、目を覚ましたときには子供達の姿はなかった。
彼らを探すために、博物館に展示されていた人機・ナナツーの上の座席に
乗り込んだ碧だが、それは思ったようには動いてくれなかった。



「もしかして……下の座席……！」

「ご名答。こいつは旧式だからな。上だけじゃ動かねぇよ」



そこへ現れたのは小河原両兵。
彼はナナツーの下の座席に乗り込むと、ナナツーを起動させた。
これで子供達が探せると思った碧だが、直後にキョムの人機・バーゴイルに襲われてしまい、
選択の余地もなく戦いに巻き込まれてしまう。



「守りたいものがあるなら……
お前の力で守ってみせろっ！！」



自分の置かれた状況に困惑しながらも、碧は両兵の言葉で決意を固め、
占領された東京を取り戻す戦いに身を投じていくのだった……。